云南高原特色現代農業省部共建協同創新中心是在云南省認定的“生物多樣性與云南特色農業”省級協同創新中心基礎上建設和發展形成的，由云南農業大學牽頭，聯合中國科學院昆明植物研究所、中國科學院昆明動物研究所、云南天士力帝泊爾生物茶集團有限公司等8家單位組建。2012年10月該中心被認定為云南省第一批省級協同創新中心，2013年1月正式運行。2014年4月經云南省機構編制委員會批準成立云南省高原特色農業產業研究院，作為中心的實體化運行載體。2015年以來,中心新增云南省農科院等5家共建單位，以高原特色現代農業全產業鏈建設為方向，深入開展種質創新、生態農業和綠色食品加工等關鍵技術研發。中心立足區域生物資源優勢，面向國家及區域經濟發展重大需求，緊扣省委省政府提出的大力發展高原特色現代農業和打造綠色食品牌的重大戰略決策，圍繞農業生物種質創新、生態農業技術應用及綠色食品精深加工3個研究方向開展研究工作。